• Фундаментальные и прикладные исследования по актуальным проблемам эпидемиологии.Курирует заместитель директора по научной работе член-корреспондент РАМН, профессор Ю.В.Ананьина.

• Фундаментальные и прикладные исследования по актуальным проблемам медицинской микробиологии, генетики и молекулярной биологии бактерий. Курирует директор института академик РАН, профессор А.Л.Гинцбург.

• Фундаментальные и прикладные исследования по актуальным проблемам инфекционной иммунологии. Курирует заместитель директора по научной работе доктор медицинских наук С.Б.Чекнёв.

• Фундаментальные и прикладные исследования по проблемам клеточной микробиологии и биоинженерии. Курирует заместитель директора по научной работе доктор биологических наук, профессор Б.С.Народицкий

• Тематика научных исследований